• Voor de bescherming van soorten van de Vogelrichtlijn (ca. 700 vogelsoorten) en 100 andere dier- en plantensoorten van de Habitatrichtlijn en het verdrag van Bern (bijv. bever, gewone dwergvleermuis, boomkikker, zandhagedis, grote vuurvlinder, gevlekte witsnuitlibel, kruipend moerasscherm) geldt een ‘nee, tenzij’-regime, zoals vereist door de Vogel- en Habitatrichtlijn (in beginsel verbod op o.m. opzettelijk vangen en doden, en het beschadigen van nesten; tenzij ontheffing is verleend t.b.v. bijv. voorkoming ernstige schade eigendommen, volksgezondheid, openbare veiligheid).
• Activiteiten mogen binnen het ‘nee, tenzij’-regime tot op zekere hoogte leiden tot verontrusting van vogels; alleen wanneer de staat van instandhouding van vogelsoorten hierdoor in gevaar komt, is een ontheffing vereist (FF-wet: nu elke opzettelijke verstoring van vogels verboden).

• Voor andere dier- en plantensoorten (bijv. vuursalamander, ringslang, grote modderkruiper, vliegend hert) geldt ter uitvoering van het Biodiversiteitsverdrag dat zij worden beschermd via een ‘ja, mits’-regime: activiteiten zijn toegestaan, maar de initiatiefnemer moet er wel voor zorgdragen dat de staat van instandhouding van soorten door zijn activiteit niet in het geding komt (Ff-wet kent nu ‘nee, tenzij-regime’).

• Met voorgaande maatregelen zal in veel minder gevallen dan nu (Ff-wet) een ontheffing nodig zijn voor een activiteit, zodat het minder vaak voor zal komen dat een project moet worden stilgelegd wanneer er een beschermd exemplaar wordt aangetroffen.

• Verder: optimaal gebruikmaken van mogelijkheid om soorten gebiedsgericht te beschermen. Door in bepaalde gebieden actieve maatregelen te treffen ten gunste van een soort, waarmee het voortbestaan is gegarandeerd, is buiten die gebieden minder snel een ontheffing nodig voor activiteiten, of kan deze makkelijker worden verleend.

• De Databank Flora en Fauna voorziet in duidelijkheid over de aanwezigheid van beschermde soorten in gebieden en locaties.

• Meer ruimte voor het bestrijden van schade en overlast, door het bejaagbaar maken van meer soorten (grauwe gans, Canadese gans en kolgans, smient en wild zwijn) en meer bestrijdingsmogelijkheden voor exoten.

• Aanvullende nationale regels inzake de handel en het bezit van beschermde soorten worden geschrapt als die niet bijdragen aan een effectieve bestrijding van illegale handel. Het één-document-principe staat bij de uitvoering van CITES voorop. Geschrapt worden onder meer de individuele bezitsontheffingen (in plaats daarvan algemene regels) en bepaalde administratieve verplichtingen voor particulieren.

• In het wetsvoorstel daarom ook alleen Europese eisen voor instandhoudingsdoelstellingen voor Natura 2000 (Vogelrichtlijn, Habitatrichtlijn); geen extra doelen voor natuurschoon (bijv. stilheid, donkerheid, weidsheid).

• Waar door de externe werking van Natura 2000 knelpunten ontstaan, kan er worden gewerkt aan een oplossing via een programmatische aanpak (vgl. reductie stikstof). Daardoor meer ruimte voor ontwikkeling van activiteiten, en een makkelijker toestemming voor projecten (industrie, infrastructuur, veehouderijen, energie).

• Minder formaliteiten: uitwerking instandhoudingsdoelstellingen Natura 2000 en afspraken over instandhoudingsmaatregelen hoeven niet persé in een beheerplan te worden opgenomen; dat mag ook in een ander programma of plan dat (mede) betrekking heeft op dat gebied (bijv. provinciaal milieuplan). Uitgangspunt blijft dat voldoende duidelijkheid geboden moet worden aan ondernemers, burgers en initiatiefnemers.

• Minder formaliteiten betekent ook: alleen toestemming vooraf waar de Habitatrichtlijn dat eist: voor projecten met ernstige gevolgen voor Natura 2000. In andere gevallen (kleinschalige evenementen) is het weliswaar van belang dat met het bevoegd gezag wordt afgestemd, maar daarvoor is geen formele toestemming vooraf nodig ("ja, tenzij"). Door deze maatregelen is minder vaak (ca. 20% van de gevallen) toestemming nodig dan nu (Nb-wet).

• Meer duidelijkheid over situatie waarin een project al dan niet schadelijk is (‘significant’): kapstok voor vaststellen rekenmodellen, aanwijzen gevallen waarin er geen sprake kan zijn van schadelijke gevolgen.

• Geen herplantplicht als de kap plaatsvindt voor natuurontwikkeling (‘hout voor groen’).

Van belang is dat alle onderzoeken en maatregelen die nodig zijn ten behoeve van de natuur in een zo vroeg mogelijk stadium worden betrokken bij de totstandkoming van ruimtelijke plannen en projecten. De commissie Elverding wees in haar rapport uit 2008 al op het belang van investering in het voortraject. Met het oog daarop wordt voorzien in integratie van de natuurtoetsen in andere planvorming en besluitvorming van het omgevingsrecht:

• voor locatiegebonden ingrepen waarvoor een Natura 2000-vergunning of een soortenontheffing vereist is, maakt de natuurtoets onderdeel uit van de omgevingsvergunning (nu al via WABO).
• instandhoudingsmaatregelen en uitwerking instandhoudingsdoelstellingen Natura 2000 kunnen onderdeel uitmaken van een ander plan dat voor hetzelfde gebied wordt vastgesteld (bijv. beheer- en ontwikkelplan rijkswateren).
• de voor plannen en projecten verplichte passende beoordeling kan onderdeel uitmaken van de milieu-effectrapportage; dit wordt gecontinueerd.

Voorzien wordt in een modern handhavingsinstrumentarium waarmee onder meer de illegale handel in bedreigde soorten en producten daarvan, met een lik-op-stuk-beleid effectief (boete) kan worden bestreden.

De afspraken tussen Rijk en provincies over decentralisatie van het natuurbeleid die gevolgen hebben voor de toedeling van wettelijke bevoegdheden (deelakkoord natuur), zullen in het wetsvoorstel natuur worden uitgewerkt. Deze zijn in dit stuk buiten beschouwing gelaten.